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Annolnc: 一站式lncRNA查询数据库

作者:jcmp      发布时间:2021-02-19      浏览量:0
长链非编码RNA(lncRNA)是一类新

长链非编码RNA(lncRNA)是一类新型调控分子,它在从胚胎发育到肿瘤发生等在多种生理病理过程中发挥重要调控作用。虽然人类lncRNA发现数量和规模快速扩张,但这些工具仅支持从单一角度对长非编码RNA进行注释,难以涵盖lncRNA的功能全谱。因此,lncRNA全面注释平台AnnoLnc就显得非常重要。

AnnoLnc(http://annolnc.cbi.pku.edu.cn)就是一个系统地注释新的人类lncRNA的一站式网站。2020年5月14日,北京大学高歌课题组该研究在之前的基础上全面更新升级了AnnoLnc平台,并且首次对小鼠长非编码RNA提供了全面支持。目前是该工具基于700多个数据资源和各种工具链,AnnoLnc的系统性注释涵盖了基因组位置,二级结构,表达模式,转录调控,miRNA相互作用,蛋白质相互作用,遗传关联和进化。该网站具有直观的Web界面,可用于通过桌面和移动设备进行交互式分析,程序员可以通过标准的基于JSON的Web服务APIs进一步将AnnoLnc集成到他们的分析流程中。

AnnoLnc2网站操作便捷,用户可通过一个三步骤的操作运行AnnoLnc2,并查看详细的注释结果,以及批量下载所有的注释结果。具体如下。

Part 01

数据库使用

十分简单明了: 选择物种、输入序列、提交结果。

随机找一个lncRNA,如网页 try out的“SRA”

非常的密密麻麻

Part 02

确认搜索

在结果界面,点击最右侧进入“finished”超链接,就可以接跳转到结果。

Part 03

结果汇总

在基因组位置这里,数据库把我们提交的序列和目前已知的基因组序列进行比对,来查看这个序列具体的位置以及相关的特征。右边还可以选择颜色叠加以获得交互式二级结构图片。

表达和调控

关于基因的表达情况,数据库使用了GETx数据库里面的正常组织、CCLE里面的癌症细胞系以及ENCODE数据库里面的数据来进行查看的,在结果呈现当中,也是分成了正常组织和癌症组织分类来查看的。

亚细胞定位

对于lncRNA表达的不同位置可能形式不同的功能。这个数据库通过比较核/胞质表达来确定这个lncRNA主要是在哪个地方表达。多基序(motif)也是可以帮助lncRNA定位的,所以这个数据库也收集了和亚细胞定位的motif来进行预测。

转录调控

在表达调控方面,最经典的还是转录因子调控以及miRNA调控。这个数据库使用GTRD来预测lncRNA的可能收到的转录因子调控作用,同时使用TargetScan来预测其miRNA调控的作用。

进化分析

不同的物种可能序列基因长度是不一样的,所以可以来进行物种之间的进化分析,来了解不同物种之间同一个lncRNA的进行情况。

另外,AnnoLnc2还为用户提供了可进行大规模线下分析的单机版本(下载链接:http://annolnc.gao-lab.org/download.php)。单机版包含了在线版本的全部功能,还支持自定义模块和自定义注释数据,用户可以基于自产数据(如RNA-seq数据)指定感兴趣的模块进行批量分析,不联网也可以照常使用。